APEMS студенттерінің ғылыми-зерттеу жұмысы дене шынықтыру және спорт саласында ғылымның соңғы жетістіктерін іс жүзінде қолдана алуға қабілетті жоғары білімді мамандарды даярлау мен тәрбиелеу сапасын көтерудің маңызды құралдарының бірі болып саналады.

Студенттерді ғылыми-зерттеу жұмысына тарту олардың шығармашылық және еңбек мүмкіндіктерін дене шынықтыру мен спорт саласының өзекті міндеттерін шешу үшін қолдануға мүмкіндік береді.

Ғылыми-зерттеу жұмысы барысында студенттер ғылыми қызмет нәтижелерін өңдеу, жинақтау, жүйелей алу қабілеттеріне, зерттеу дағдылары мен ғылыми білімге ие болады.

APEMS студенттерінің ғылыми-зерттеу жұмысының негізгі міндеттері келесідей:
- студенттердің танымның ғылыми әдістерін, оқу материалдарын терең әрі шығармалықпен меңгеруі; 
- ғылыми міндеттерді өздігінен дербес шеше алу әдістемесі мен тәсілдерін және ғылыми ұжымдарда жұмыс жасай алу дағдыларын үйрету;
- олардың жұмысын ұйымдастыру әдістерімен таныстыру, дене шынықтыру мен спорт саласындағы өзекті ғылыми міндеттердің сәтті шешімін табуға жәрдемдесу;

Ғылыми-зерттеу жұмысы аясында APEMS студенттеріне келесідей жағдайлар жасалады:
- оқытушылар жетекшілігімен дербес ғылыми зерттеу жүргізуге жағдай;
- студенттердің зерттеу нәтижелерімен студенттік ғылыми конференцияларға қатысу мүмкіндігі (ЖОО, республикалық, халықаралық);
- ЖОО ішілік ғылыми жұмыстар конкурсына қатысу;
- жас ғалымдардың гранттық қаржыландыру шеңберінде жобаларды жүзеге асыруға қатысуы;
- академиялық ұтқырлықтың халықаралық бағдарламалары бойынша оқу аясында ғылыми білім алу (Erasmus+, Mevlana және т.б.);
- курстық, дипломдық және жобалық жұмыстарды орындау барысында ғылыми білімдерді қолдану.